Gaucher-sejtek felhalmozódása a lépben megnagyobbodást (szplenomegáliát) okoz, és ez a szerv túlműködéséhez vezet. A lép a normál méretének akár 25-szörösére is megnagyobbodhat, aminek következtében a has kidomborodik, a beteg pedig úgy fog kinézni, mintha el lenne hízva vagy terhes lenne.

Ha a lép hiperaktívvá válik (vagyis túlműködik), elkezdi gyorsabban lebontani a vörösvérsejteket, mint ahogy azok termelődni tudnak, így vérszegénység alakul ki. A vörösvérsejtek szállítják az oxigént a tüdőből a test összes sejtje számára.

Mivel a vérszegénységben szenvedő embereknek kevés a vörösvérsejtjük, elégtelen lesz az oxigénellátásuk, ami kimerültséghez vezet. Ezért azok a betegek, akiknél a Gaucher-kór a lépet támadta meg, úgy érezhetik, hogy erőtlenek, és kevésbé lesznek ellenállóak más betegségekkel szemben. Gyakran érzik magukat fáradtnak.

A lép túlműködése a vérlemezkék számát is csökkentheti (ezt az állapotot trombocitopéniának nevezik). A vérlemezkék számának csökkenése rontja a véralvadást, aminek következtében nő a bevérzések és a vérzékenység kockázata. Ezért a Gaucher-kórban szenvedő betegeknek az átlagosnál gyakrabban, illetve erősebben vérzik az orruk vagy az ínyük. A menstruáció is erősebb vérzéssel járhat és hosszabb ideig tarthat.

Továbbá, a hiperaktív lép túlzottan megszűrheti a vért, emiatt csökkenhet a fehérvérsejtek száma is. Normális jelenség, hogy ingadozik a fehérvérsejtek száma attól függően, hogy éppen jelen vannak-e kórokozók a szervezetben. Ha például baktériumok vagy vírusok támadják meg a szervezetet, akkor megnövekszik a fehérvérsejtek száma. Ha azonban a lépben lévő Gaucher-sejtek miatt alacsony a fehérvérsejtek száma, akkor a szervezet kevésbé tudja legyőzni a fertőzéseket. Emiatt a Gaucher-kórban szenvedők gyakrabban betegedhetnek meg, mint mások.

Amikor még nem állt rendelkezésre az enzimszubsztitúciós terápia, a Gaucher-kóros betegek közül sokaknak sebészi úton ki kellett venni a megnagyobbodott lépét (ezt a műtéti eljárást szplenektómiának nevezik). Azoknál a betegeknél, akiknek kivették a lépét, az orvosok azt észlelték, hogy növekszik a Gaucher-sejtek felhalmozódása a májban és a csontokban. Ezért ma már nem javasolják a lép eltávolítását a Gaucher-kór kezelésének részeként.

Gaucher-sejtek a májban is felhalmozódhatnak. Ennek következtében megnagyobbodhat a máj (ezt az állapotot hívják hepatomegáliának). A Gaucher-sejtek felhalmozódása cirrózishoz (májzsugorhoz), a máj hegesedéséhez és más májbetegségekhez is vezethet. Néhány beteg esetében megnő az epekövesség kockázata.

A betegek többségénél a Gaucher-kór a csontokra is hat. Ez rendszerint progresszív (egyre romló) elváltozás, és ez jelenti a betegség egyik legkárosabb megnyilvánulását.

A csontvelőben felhalmozódó Gaucher-sejtek különbözőképpen is károsíthatják a csontokat. A Gaucher-sejtek felgyülemlése miatt csökkenhet a véráramlás, károsodhat a csontszövet (aszeptikus csontelhalás vagy avaszkuláris nekrózis), és ez tartós mozgásproblémákhoz vezethet.

A Gaucher-sejtek csontvelőben való felhalmozódása csökkentheti a csonttömeget is (oszteopénia). Azok az ásványi anyagok (kalcium és foszfor), amelyek együtt működnek a csontok szilárdságának és helyes alakjának megőrzésében, szintén kevésbé hatékonyan működnek Következésképpen, a csontok érzékenyebbé válnak a fertőzésekkel szemben, anyaguk felritkul és meggyengül, így könnyebben eltörnek.

A Gaucher-kór által okozott csontkárosodás következtében rendellenesen megkeményedhet a csontok szára (szklerózis), illetve megváltozhat a csontok szerkezete, például ellaposodhat a combcsont csúcsa. Például, az egészséges combcsont esetén gömbölyű combfej a Gaucher-kór által károsított csont esetében ellapult formájú lehet. Ezt az elváltozást „Erlenmeyer-lombik deformitásnak” nevezik, ugyanis az elváltozott csont alakja az Erlenmeyer-lombikra hasonlít (ez egy laboratóriumi eszköz). Ez a szokatlan alak rendellenes csontképződésre utal, amit a csontvelőben felhalmozódott Gaucher-sejtek okoznak.

Csontkrízis olyankor lép fel, ha hirtelen oxigénhiány lép fel egy olyan területen, ahol a Gaucher-sejtek akadályozzák a normális véráramlást. A csontkríziseket erős, hirtelen fájdalom jellemzi (néhány beteg úgy fogalmaz: „mintha a csont szívrohamot kapna”), és ez a fájdalom órákig, akár napokig tarthat. A csontkríziseket a csontban és a csont körül kialakuló duzzanat (ödéma) és a csont csökkent vérellátása okozza (vaszkuláris okklúzió).

Elmaradó növekedés: azok a Gaucher-kóros gyermekek, akik nem kapnak kezelést, gyakran lassabban nőnek, mint egészséges társaik. A nem kezelt lányoknál gyakran később kezdődik meg a pubertás, és gyakran csak tizenéves koruk vége felé kezdenek menstruálni. Étvágytalanság: a megnagyobbodott máj, illetve lép nyomhatja a gyomrot, ezért a Gaucher-kórban szenvedők már néhány falat evés után teltségérzetet tapasztalhatnak. Emésztéssel kapcsolatos panaszok jelentkezhetnek.